Los tratamientos que existen actualmente para tratar la enfermedad de Crohn en niños, no restauran el equilibrio bacteriano saludable del sistema digestivo
Un estudio realizado en la Universidad de Pensilvania en Estados Unidos en el han participado 90 niños con Crohn (de los cuales, unos tomaron una dieta terapéutica y otros, tratamientos convencionales) y 26 niños sanos, comprobó que los pacientes de Crohn que tomaron una dieta terapéutica, seguían teniendo una microbiota intestinal diferente a la de los niños sanos, por lo que no parece ser necesario que la flora intestinal se restaure del todo para que este tratamiento tenga los efectos terapéuticos deseados
Por otro lado, también hallaron que los niños que respondieron al tratamiento presentaban cambios en sus microbios intestinales en comparación con los niños que no respondieron al mismo. Esto sugiere que la población intestinal de un paciente podría usarse para predecir el modo en que podría responder al tratamiento
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