Microbiota del aparato digestivo.

• Boca: Multitud de bacterias, protozoos y levaduras. El papel mutualista de muchas de ellas es discutible; así, algunas bacterias causan caries y otros problemas dentales, debido a que producen ácido que ataca el esmalte de los dientes. Las levaduras son responsables de las aftas que aparecen en la mucosa de personas inmunodeprimidas.
• Esófago: No existe colonización permanente; el esófago es un conducto virtual (está colapsado por la musculatura que lo rodea para evitar regurgitaciones), por lo que la comida se abre paso a su través y arrastra los posibles microorganismos que pudieran intentar establecerse en él.
• Estómago: Fundamentalmente lactobacilos, siendo frecuente la colonización por Helicobacter pylori, que en algunas personas condiciona la aparición de úlceras en el estómago y el duodeno. La acidez estomacal es una barrera casi infranqueable para los microorganismos que ingerimos con la comida y la bebida, protegiendo así al intestino frente a las infecciones. La concentración de lactobacilos es tan baja que no se sabe si ejercen algún efecto mutualista significativo.
• Intestino delgado: Se divide en tres partes, citadas según nos alejamos del estómago: duodeno, yeyuno e ileón. En duodeno la microbiota es escasa, aún permanece parte de la acidez estomacal y en él desembocan los conductos biliar y pancreático. La bilis es tóxica para muchas bacterias y el fluido pancreático contiene una serie de enzimas que podrían, literalmente, digerir a las bacterias que se establecieran allí. En yeyuno se va incrementando la concentración bacteriana, que está formada principalmente por lactobacilos. En ileón la concentración y diversidad de los microorganismos residentes aumenta rápidamente y cada vez va reflejando más la que tendremos en el intestino grueso.
• Intestino grueso: La densidad microbiana es enorme; está dominada por bacterias, pero también hay arqueas, hongos (levaduras) y protozoos. Para dar una idea de su abundancia baste decir que aproximadamente el 50% del volumen de nuestras heces son bacterias que viven en el colon y que son arrastradas con los desechos de la digestión. Además de una enorme densidad bacteriana, existe una gran diversidad; se calcula que hay más de 500 especies ocupando ese hábitat, de manera que, en su conjunto, dan lugar a un ecosistema extraordinariamente maduro y, por tanto, resistente a la inducción de cambios desde el exterior; es lo que se denomina la homeostasis intestinal. Dentro de los grupos bacterianos que habitan en el intestino grueso, los más abundantes son los Firmicutes y los Bacteroidetes, que constituyen hasta el 90% del total, seguidos por las Actinobacterias, que serían algo menos del 10%. Los géneros más abundantes dentro de los Firmicutes son Faecalibacterium y Roseburia; al grupo de los Bacteroidetes pertenecen las bacterias del género Bacteroides, que es el más abundante en el hábitat intestinal, siendo las Actinobacterias más frecuentes las encuadradas dentro del géneroBifidobacterium. Todas estas bacterias son anaerobias, lo que significa que no utilizan el oxígeno para obtener la energía que necesitan para sus procesos vitales e incluso, para la mayoría, es tóxico (anaerobias estrictas).
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