Debido a que la incidencia de la enfermedad de Crohn es mayor en la edad reproductiva (entre los 20 y los 30 años), existen datos sobre cómo puede afectar esta enfermedad a la fertilidad tanto del varón como de la mujer con enfermedad de Crohn. Según la mayoría de los estudios, se establecen cifras similares de fertilidad en individuos con enfermedad de Crohn y en los sanos. No obstante, existen circunstancias de la enfermedad que pueden afectar a esta situación. También se ha postulado que el deseo sexual disminuye en la medida que aumenta la actividad de la enfermedad.
En la actualidad, la enfermedad de Crohn presenta un riesgo para el buen desarrollo del feto por dos razones: por un lado, los fármacos empleados atraviesan la placenta y en el caso de los varones, la sulfasalazina puede disminuir la calidad del semen en un alto porcentaje de casos; por otro lado, uno de los factores de riesgo más importantes para que se produzca un aborto es la propia inflamación de la enfermedad activa, así como el número de intervenciones quirúrgicas a las que se puedan someter estos pacientes pueden hacer disminuir la fertilidad por la formación de adherencias en las estructuras abdominales y pélvicas, como también la alteración de los nervios pudendos en el caso del varón.
El médico buscará el equilibrio para que la enfermedad permanezca inactiva con la mínima cantidad de fármacos; estos se utilizarán preferiblemente en forma de enemas y supositorios, que tienen menos efectos secundarios en el organismo de la embarazada.
Cuando la concepción se produzca con la enfermedad inactiva, no existen datos que pronostiquen un peor curso del embarazo, y la posibilidad de presentar un brote de enfermedad durante éste no supera el 30%. Si estos aparecieran, deberán tratarse de la misma forma que en la mujer no gestante, a excepción del metotrexato y la talidomida. Incluso los de última aparición, como el infliximab, aunque con menos experiencia que en otros casos, no se desaconsejan durante el embarazo si tienen indicación.
Si por el contrario el embarazo se produce con la enfermedad activa, el brote intestinal puede prolongarse o incluso puede empeorar durante los nueve meses.
En cuanto al parto, la mayoría de los especialistas aconsejan el parto vaginal, y si se decide una cesárea viene motivada generalmente más por causa obstétrica que por la enfermedad intestinal. Solo en casos de afectación perianal activa (abscesos, fístulas, infecciones) puede elegirse la cesárea de manera más apropiada. Tampoco hay cifras superiores de niños de bajo peso al nacer en mujeres con enfermedad de Crohn comparadas con aquellas sanas.
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